穆宗契天隆道渊懿宽仁显文光武纯德弘孝庄皇帝，名载垕，是世宗的第三个儿子，母亲是杜康妃。嘉靖十八年（公元1539年）二月，他被封为裕王，与庄敬太子、景恭王在同一天接受册封。不久后庄敬太子去世，世宗认为裕王年长且贤能，皇位继承顺序已然确定。然而，朝廷内外存在诸多疑虑和议论，于是世宗便让景王前往藩国就封。
嘉靖四十五年（公元1566年）十二月庚子日，世宗驾崩。壬子日，载垕登上皇帝位，将第二年定为隆庆元年（公元1567年），并大赦天下。凡是之前朝政中政令不便民的地方，都依据世宗的遗诏进行了更改。召回并任用因进谏而获罪的诸位大臣，对已去世的给予抚恤和追录。将方士全部交给司法部门治罪，停止一切斋醮仪式和工程，以及额外的采买活动。减免第二年全国一半的田赋，以及嘉靖四十三年以前拖欠的赋税。把被关在狱中的户部主事海瑞释放出来。这一年，土鲁番前来进贡。
隆庆元年（公元1567年）春季正月丙寅日，停止睿宗在明堂的配享祭祀。戊辰日，恢复郑王厚烷的爵位。丁丑日，追尊母亲康妃为孝恪皇太后。二月戊子日，祭祀大社和大稷。乙未日，册封妃陈氏为皇后。吏部侍郎陈以勤被任命为礼部尚书兼文渊阁大学士，礼部侍郎张居正担任吏部左侍郎兼东阁大学士，参与朝廷机要事务。三月壬申日，将肃皇帝（世宗）安葬在永陵。乙酉日，土蛮进犯辽阳，指挥王承德在战斗中牺牲。夏季四月丙戌朔日，祭祀太庙。丙午日，禁止附属国进献珍禽异兽。丁未日，皇帝出席经筵听讲。五月己未日，黄河决口的治理工程完工。辛酉日，在北郊祭祀地神。丁丑日，高拱被罢职。六月戊戌日，因为连绵大雨，皇帝修身反省，穿着素服，避开正殿，到皇极门处理政务。这个月，新河再次决口。秋季七月辛巳日，招抚山东、河南受灾的流民，免除他们五年的赋税徭役。八月癸未朔日，在孔庙祭祀先师孔子。九月乙卯日，俺答进犯大同，皇帝下诏严格备战防守。癸亥日，俺答攻陷石州，杀死知州王亮采，劫掠交城、文水。壬申日，土蛮进犯蓟镇，劫掠昌黎、卢龙，一直打到滦河。皇帝诏令宣大总督侍郎王之诰返回驻扎在怀来，巡抚都御史曹亨在通州屯兵。甲戌日，郭朴退休。免除襄阳、郧阳受灾地区的秋粮。乙亥日，总兵官李世忠援救永平，与敌人在抚宁交战，京师宣布戒严。冬季十月丙戌日，敌寇退去，京师解除戒严。甲辰日，皇帝指示群臣商议边防相关事宜。宁夏总兵官雷龙出兵塞外截击河套部，将其击败。十一月癸亥日，在南郊祭祀天神。这一年，广东贼寇大规模兴起，琉球前来进贡。
隆庆二年（公元1568年）春季正月己卯日，给事中石星上疏陈述六件事，在宫阙下被施以杖刑，被贬为平民。二月丁酉日，敌寇进犯柴沟堡，守备韩尚忠战死。己亥日，皇帝举行耕耤田仪式。丁未日，皇帝前往天寿山，拜谒长陵、永陵。庚戌日，返回宫中，减免所经过地区不同程度的田租。三月辛酉日，册立皇子翊钧为皇太子，下诏大赦天下。乙丑日，广西总兵官俞大猷讨伐广东的贼寇。戊辰日，赐予罗万化等人进士及第、出身等不同功名。丙子日，皇帝前往南海子。戊寅日，京师发生地震，皇帝命令百官修身反省。夏季六月庚辰日，派遣使者到两畿地区审查囚犯的案卷。己丑日，广东贼寇曾一本进犯广州，杀死知县刘师颜。秋季七月己酉日，贼寇攻入廉州。丙寅日，徐阶退休。冬季十月戊寅日，免除南畿受灾地区的秋粮，赈济淮、徐地区的饥荒。己亥日，将辽王宪<*火节废为庶人。甲辰日，免除畿内、河南受灾地区的秋粮。十一月壬子日，宣府总兵官马芳在长水海子袭击俺答，又在鞍子山将其击败。辛酉日，免除江西受灾地区的税粮。戊辰日，在南郊祭祀天神。己巳日，命令广东、福建的督抚将领联合围剿曾一本。十二月庚寅日，将世宗的神主牌位供奉到太庙。丁酉日，限制勋戚的庄田规模。这一年，琉球前来进贡。
隆庆三年（公元1569年）春季正月壬子日，大同总兵官赵岢在弘赐堡击败俺答。二月庚辰日，免除陕西受灾地区的秋粮。三月戊辰日，曾一本攻陷碣石卫，裨将周云翔杀死参将耿宗元后叛变，归附贼寇。夏季四月己丑日，总兵官雷龙出兵塞外袭击河套部，取得胜利。五月庚戌日，总兵官郭成等人在平山击败贼寇，周云翔被处死。甲寅日，御史詹仰庇请求停止奢靡的花费，结果被贬为平民。秋季七月壬午日，黄河在沛县决口。乙酉日，皇帝下诏要求天下各地方官切实推行储备粮食以备灾荒的政策。壬辰日，派遣使者赈济黄河沿岸受灾的州县。八月癸丑日，广东的贼寇被平定，曾一本被处死。壬戌日，礼部尚书赵贞吉兼任文渊阁大学士，参与朝廷机要事务。丁卯日，赈济南畿、浙江、山东的水灾。九月丙子日，俺答进犯大同，劫掠山阴、应州、怀仁、浑源。辛卯日，举行大规模阅兵。冬季十一月甲戌日，在南郊祭祀天神。庚辰日，京师发生地震并伴有声响，皇帝下令修身反省。十二月己亥日，命令东厂、锦衣卫秘密查访部院的政事。庚申日，召回高拱重新进入内阁。乙丑日，尚宝寺丞郑履淳因上书言事，在朝廷上被施以杖刑并关进监狱。这一年冬天，免除两畿、山东、浙江、河南、湖广的税粮。这一年，陕西出现贼寇。琉球、土鲁番前来进贡。
隆庆四年（公元1570年）春季正月己巳朔日，发生日食，免去朝贺仪式。辛未日，皇帝避开正殿，修身反省。这个月，倭寇攻入广海卫城。二月乙丑日，分设三大营的文武提督共六人。夏季四月戊戌日，京师发生地震。丙午日，俺答进犯大同、宣府，官兵将其击退。这个月，陕西的贼寇进犯四川。五月癸酉日，给事中李己进谏反对购买金银珠宝，在朝廷上被施以杖刑并关进监狱。秋季七月己巳日，禁止奏章冗长繁杂。命令巡抚、巡按等官员严格禁止地方官使用酷刑。戊子日，陈以勤退休。乙未日，免除四川受灾地区的税粮。八月庚戌日，宣府、大同传来警报，皇帝下令加强边防戒备。九月癸酉日，陕西发生水灾，根据不同情况减免赋税、进行赈济。甲戌日，黄河在邳州决口。壬午日，免除北畿、湖广受灾地区的税粮。癸未日，敌寇进犯大同，副总兵钱栋战死。戊子日，进犯锦州，总兵官王治道等人战死。甲午日，废除京营的文武提督，设置总督协理大臣。冬季十月癸卯日，俺答的孙子把汉那吉前来投降。丁未日，任命把汉那吉为指挥使。壬戌日，考察给事中、御史。十一月丁丑日，俺答请求朝廷册封。己卯日，在南郊祭祀天神。乙酉日，赵贞吉被罢职。己丑日，礼部尚书殷士儋兼任文渊阁大学士，参与朝廷机要事务。十二月丁酉日，俺答抓住叛逃者赵全等九人前来进献，皇帝下诏送把汉那吉回去，并给予他丰厚的赏赐。乙卯日，举行受俘仪式，将赵全等在街市上处以磔刑。
隆庆五年（公元1571年）春季二月甲午日，朝廷大臣以及来京朝见皇帝的官员在文华左门拜见皇太子。己未日，册封皇子翊镠为潞王。三月己卯日，赐予张元忭等人进士及第、出身等不同功名。己丑日，封俺答为顺义王。夏季四月甲午日，黄河又在邳州决口。五月壬戌日，古田的僮族贼寇被平定。戊寅日，李春芳退休。六月辛卯日，京师三次发生地震，皇帝下令修身反省。甲辰日，授予河套部落首领吉能为都督同知。甲寅日，顺义王俺答进贡马匹，皇帝祭告宗庙并接受祝贺。丙辰日，俺答抓住赵全的余党十三人前来进献。秋季八月癸卯日，允许河套部进行互市贸易。九月癸未日，三镇的贡市达成。冬季十月己亥日，河南、山东发生大水灾，再次告诫加强黄河的防汛工作。十一月己巳日，殷士儋退休。这一年，琉球、土鲁番前来进贡。
隆庆六年（公元1572年）春季正月辛未日，修筑徐州至宿迁的堤坝三百七十里。二月丙申日，倭寇进犯广东，攻陷神电卫，大肆劫掠。山区的贼寇再次兴起。闰月丁卯日，皇帝驾临皇极殿门，突然发病，急忙返回宫中。乙亥日，倭寇进犯高州、雷州，官军将其击败。夏季四月戊辰日，礼部尚书高仪兼任文渊阁大学士，参与朝廷机要事务。五月壬辰日，免除广东因用兵而受灾各郡拖欠的赋税。己酉日，皇帝病情危急，召大学士高拱、张居正、高仪接受临终遗命。庚戌日，皇帝在乾清宫驾崩，年仅三十六岁。七月丙戌日，上尊谥，庙号穆宗，安葬于昭陵。
赞语说：穆宗在位六年，端居深拱，很少进行不必要的经营活动，亲自践行勤俭节约，每年仅尚食局就节省巨额开支。同意俺答的封贡请求，减轻赋税、让百姓休养生息，边疆得以安宁平静。作为皇位继承者，遵守成法，可称得上是一位好君主。只是掌权的大臣相互倾轧，门户之见逐渐形成，而皇帝未能整肃朝纲，矫正清除积久的不良习惯，大概也是宽恕有余，而刚强明断不足吧！