战斗结束后，碇真嗣如愿在司令室见到了自己的父亲碇源堂。在确认他们之间的谈话没有被监控之后，碇真嗣的眼中闪烁着难以抑制的激动与急切，他向前快走了几步，声音带着一丝颤抖说道：“父亲，我在初号机内部，真的见到了母亲！她的灵魂，就在那里。”
碇源堂原本冷漠而深邃的眼眸瞬间瞪大，脸上浮现出难以置信的震惊之色。他身体微微前倾，双手不自觉地握紧，声音低沉却又带着一丝急切：“真嗣，你说的是真的？我……真的能见到唯吗？”
碇真嗣深吸一口气，目光坚定地看向父亲：“可以，父亲。但你也知道，我没有按照原本的计划杀死水天使。现在，SEELE那边肯定会施加巨大的压力，而且不知道有多少黑手在暗中蠢蠢欲动。您得帮我顶住这些。”
碇源堂微微皱眉，眼神中闪过一丝犹豫，但很快又恢复了坚定。他沉默了片刻，缓缓说道：“看来你对SEELE知道的还不少，是碇唯告诉你的吧。好，真嗣。只要我能见到唯，我会帮你顶住SEELE的压力。”
“我不但这一次不杀水天使，以后我也不打算杀死任何一个使徒。我完全反对人类补完计划这种抹杀全人类肉身并强行整合精神的做法。我认为，只有人类和使徒和谐相处，才是建立新世界正确的方向。我和母亲谈好了，她支持我的想法。希望您也能支持我。”
碇源堂又沉默了一会，接着说道：“我需要先见到碇唯才行。”
碇真嗣点了点头，心中那根紧绷的弦似乎稍微松了一些：“父亲，那我教你观想法吧。这能增强你的精神力，说不定在面对那些压力和危险的时候，会更有把握。而且，我也会想办法协调，让母亲同意和你见面。”
碇源堂看着眼前这个曾经被他忽视和冷漠对待的儿子，心中五味杂陈。他一直以为真嗣只是个软弱的孩子，没想到此刻却能如此坚定地站在他面前，提出这样的要求和建议。他轻轻点了点头：“好，真嗣，我会认真学的。”
碇真嗣申请了一座别墅作为工作福利，和葛城美里一起住。
在SEELE那神秘而压抑的内部高层会议室中，气氛紧张得如同即将引爆的火药桶。巨大的圆形会议桌上，摆放着各种先进的通讯设备和机密文件，周围坐着SEELE的各位高层议员，他们的脸上都带着严肃和审视的神情。碇源堂则坐在其中，身着笔挺的黑色西装，面容冷峻，眼神中透露出一种深不可测的冷静。
会议一开始，基路·洛仑兹议长便率先发难，他的声音低沉而有力，带着不容置疑的权威：“碇司令，关于碇真嗣没有消灭水天使这件事，你必须给我们一个合理的解释。这次行动的失败，让我们的人类补完计划计划受到了严重的干扰。”
其他议员也纷纷点头，表示对议长观点的认同，会议室中顿时响起了一阵低沉的附和声。
碇源堂微微起身，双手撑在会议桌上，身体前倾，目光扫视了一圈在场的议员，然后缓缓说道：“各位，碇真嗣驾驶经验不足是导致此次行动未能完全按照计划进行的主要原因。他刚刚加入NERV，驾驶初号机的时间还很短，面对水天使这样强大的使徒，出现一些失误也是在所难免的。”
他的声音平静而沉稳，仿佛在陈述一个再正常不过的事实。但一些议员显然对他的解释并不满意，其中一位议员皱着眉头，质疑道：“碇司令，驾驶经验不足不能成为借口。我们SEELE的计划容不得半点差错，难道你就不考虑更换驾驶员吗？”
碇源堂早有准备，他轻轻摇了摇头，说道：“更换驾驶员并非易事。目前，能够与初号机同步率达到一定水平的驾驶员寥寥无几。而且，碇真嗣在之前的战斗中也展现出了他的潜力，只要给予他更多的时间和训练，他一定能够成为一名优秀的驾驶员。”
这时，基路·洛仑兹议长再次开口，提出了一个更加尖锐的要求：“既然如此，那现在就派出碇真嗣驾驶初号机去追杀水天使，弥补之前的过失。水天使逃入海洋深处，如果不尽快消灭它，谁知道它什么时候会再次来犯，给人类带来更大的威胁。”
碇源堂的眼神瞬间变得锐利起来，他直视着议长的眼睛，说道：“议长，目前NERV总部面临着其他使徒的潜在威胁。零号机还在维修，只有初号机可以出战。水天使虽然逃走，但我们不能将所有的力量都投入到追杀它的行动中。如果此时总部受到攻击，我们将陷入被动。保护NERV总部，确保我们核心力量的安全，才是当前的重中之重。”
议长冷笑一声，说道：“碇司令，你这是在找借口推脱责任。SEELE为了这次行动投入了大量的资源，不能因为你的一己之私而让计划搁浅。”
碇源堂不紧不慢地反驳道：“议长，我并非在推脱责任。我只是从全局的角度出发，考虑NERV和SEELE的长远利益。我建议SEELE自行组织力量去击杀水天使，SEELE拥有强大的资源和人力，完全有能力完成这个任务。”
会议室中顿时陷入了一片沉默，议员们开始交头接耳，低声讨论着碇源堂的提议。
碇源堂见状，继续说道：“当然，如果水天使再次来犯，初号机一定有能力应对。我们已经对初号机进行了全面的升级和调试，碇真嗣也在不断成长和进步。我们有信心在下次战斗中取得胜利。”
他的语气坚定而自信，仿佛在向议员们传达一种不容置疑的决心。
基路·洛仑兹议长和其他议员们又进行了一番激烈的讨论，最终，在权衡利弊之后，他们决定暂时接受碇源堂的解释和建议。会议在一种微妙的平衡中结束，碇源堂成功地化解了SEELE对碇真嗣的问责，也为NERV争取到了更多的时间和空间。
碇源堂离开后，还留在会场的人问基路议长：“我们真的要自己派兵去围剿水天使吗？”
“当然不行，人造使徒还没有S2机关，需要等至少击杀一个使徒，获取足够多的使徒尸体作为原材料才能培育出来。在此之前，先不要轻举妄动。”
初号机那庞大而神秘的躯体内，弥漫着一股奇异而又温暖的精神波动。碇源堂凭借着内心深处那股想要见到碇唯的强烈决心，日夜苦修日观之法。他的眼神中始终燃烧着一团炽热的火焰，那是对爱人的思念与渴望，支撑着他在修行的道路上不断前行。终于，他修成了日观，得以与碇真嗣一同踏入初号机那深邃的精神世界。
与此同时，碇唯的精神力量也如同温暖的阳光，在初号机内部弥漫开来。父子二人一同发动日观，刹那间，精神的光芒照亮了整个空间，仿佛将他们带入了一个全新的维度。
在精神的光芒中，碇唯的身影缓缓浮现。她的面容依旧美丽而温柔，眼神中带着对父子俩深深的眷恋。碇源堂看到碇唯的那一刻，身体微微颤抖，眼中闪烁着激动的泪花。他快步走上前，想要紧紧地拥抱她，却又怕这只是一场虚幻的梦境。
碇唯微笑着看着碇源堂，轻声说道：“源堂，真嗣，我很高兴能在这里见到你们。”
碇源堂声音有些哽咽地说道：“唯，我……我以为再也见不到你了。”
碇唯轻轻握住碇源堂的手，说道：“源堂，其实我一直都在。我选择留在初号机内部，是因为只有在这里，我才能确保真嗣能够继续安全地驾驶初号机。等一切都结束了，等这个世界恢复了和平，我才会考虑恢复肉身，回到你们身边。”
碇源堂点了点头，眼中满是理解与心疼。他深知碇唯为了儿子，为了这个家，付出了太多太多。
接着，碇唯将目光转向碇真嗣，眼神中充满了鼓励与支持。她说道：“真嗣，你的想法母亲都知道了。你希望建立人类和使徒和谐相处的世界，这是一个非常美好的愿望。母亲支持你，也希望你的父亲能和我一起支持你。”
碇真嗣眼中闪烁着希望的光芒，他看向父亲，期待着父亲的回应。
碇源堂沉默了片刻，他看着碇唯那充满期待的眼神，又看了看碇真嗣那坚定的神情，终于，他点了点头，说道：“唯，真嗣，我同意了。我会和你们一起，为了这个美好的愿望而努力。”
碇真嗣听到父亲的话，脸上露出了灿烂的笑容。他走上前，紧紧地抱住了父亲和母亲，仿佛这一刻，所有的困难与挑战都不再可怕。
“父亲，联络水天使的事情就交给我吧，我在水天使体内设下了禁制，可以随时联系上它，还能压制它的行动。我可以利用水天使的精神力公布人类补完计划的真相，发动全世界人民的力量组织SEELE。”
“我会给你人类补完计划的全部资料。”碇源堂冷静自信的说。
碇唯看着父子二人认真讨论的样子，露出了满意的微笑。
在NERV总部那弥漫着金属冷冽气息与神秘科技氛围的通道里，绫波丽像往常一样，迈着轻盈却带着一丝落寞的步伐前行。她的眼神依旧如幽潭般平静，可那平静之下，却藏着深深的迷茫与失落。
曾经，她作为碇唯的复制体，承载着第二使徒莉莉丝的灵魂，在碇源堂的抚养下长大。她一直将自己视为碇源堂和碇唯重逢的工具，那便是她存在的全部意义。然而，自从碇源堂悄悄在初号机内见过碇唯的灵魂之后，一切都变了。碇源堂身上那种为了与妻子重逢的强烈愿望如退潮的海水般渐渐消退，取而代之的是更深不可测的城府和谋划。绫波丽感觉自己的世界崩塌了，她存在的意义仿佛被一只无形的大手瞬间抽离。
她思来想去，觉得这一切的变化应该和碇真嗣有关。自从他和水天使战斗过后，事情就开始朝着她无法理解的方向发展。终于，她鼓起勇气，找到了碇真嗣。
“真嗣君，我有件事想请教你。”绫波丽静静地站在碇真嗣面前，声音轻柔却带着一丝急切。
碇真嗣看着绫波丽，眼中闪过一丝关切，说道：“丽，有什么事你就说吧。”
绫波丽微微低下头，轻声说道：“自从你和使徒战斗过后，我感觉碇司令变了，他身上那种想要和碇唯女士重逢的强烈愿望好像消失了，变得让人捉摸不透。我想知道，这和你有没有关系？还有，你在和使徒战斗时使用的能改变形态的AT力场，究竟是怎么来的？”
碇真嗣沉默了片刻，缓缓说道：“丽，父亲的改变确实和我有关，但主要是佛法的功劳。这里面的情况比较复杂，我一时半会儿也说不清楚。不过，作为EVA驾驶员的同事，我可以告诉你AT力场形态改变的方法，那就是佛门观想法。”
绫波丽的眼中闪过一丝好奇，她抬起头，专注地看着碇真嗣，说道：“真嗣君，我对这个很感兴趣，你能详细讲讲吗？”
碇真嗣点了点头，开始仔细地讲解佛门观想极乐世界的16观法。“这16观法，第一观是日观，要观想日轮升起，光芒万丈，照亮整个世界；第二观是水观，想象着清澈的湖水，波光粼粼，宁静而祥和……”碇真嗣的声音低沉而温和，仿佛带着一种神秘的魔力，将绫波丽带入了一个全新的世界。
绫波丽静静地听着，眼神中却透露出一丝怀疑，她轻声说道：“真嗣君，我很难相信这世界上有极乐世界。这一切听起来太虚幻了。”
碇真嗣看着绫波丽，眼神坚定而真诚，说道：“丽，我以前也和你一样，不太相信。但是，我现在能信，而且发愿要在寿命终尽的时候往生到那里去。这16观就是为了让我先熟悉一下极乐世界的环境，增强我的信心。你或许觉得难以置信，但有些东西，只有亲身去感受，才能明白其中的奥妙。”
绫波丽听了碇真嗣的话，心中受到了极大的震动。以前，她一直将自己当作工具，从未思考过这些关于生命、关于信仰的问题。今天，碇真嗣的一番话，如同一束光照进了她那黑暗的内心世界。她开始反思自己的人生，反思自己存在的价值。
本着想多了解碇源堂之所以被改变的原因，绫波丽决定开始接触佛法并修行16观中的日观。在那狭小而安静的宿舍里，绫波丽盘腿坐在床上，闭上眼睛，集中精神，开始尝试进入观想的状态。
她的脑海中浮现出日轮升起的画面，那炽热的阳光洒在大地上，万物复苏，生机勃勃。然而，刚开始的时候，她的思绪总是飘忽不定，很难长时间地集中精神。但她没有放弃，一次次地尝试，一次次地调整自己的状态。
随着时间的推移，虽然她暂时还没有修成日观，但她却在这个过程中找到了新的方向。她不再觉得自己只是一个没有感情的工具，她开始意识到自己也是一个有思想、有灵魂的个体，有着属于自己的生命价值。
在浩渺无垠的大海深处，水天使宛如一位神秘的守护者，悄然展开着它的行动。它周身散发着柔和而强大的光芒，那独特的 AT力场如同一双无形却有力的巨手，轻轻地将大海中腐烂的动物尸体一一清理干净，又将因污染而肆虐的大量赤潮驱散殆尽。
随着时间的缓缓推移，曾经浑浊不堪、散发着刺鼻气味的海洋，水质逐渐得到了改善。原本死气沉沉的海底，开始有了生命的迹象。小鱼小虾在珊瑚礁间穿梭嬉戏，水草随着水流轻轻摇曳，仿佛在诉说着重生的喜悦。海洋的生态环境，正以一种肉眼可见的速度，慢慢恢复着生机。
与此同时，SEELE内部的一些人为了完成人类补完计划，不顾议长阻拦，偷偷开始忽悠各国政府派兵追击水天使。他们夸大其词地描述水天使的威胁，试图让各国政府相信水天使是对人类安全的巨大隐患。
然而，碇真嗣从父亲那边得知这个消息后，通过自己的精神力与水天使取得联系。他告诉水天使，要躲在远离大陆的海洋中，不轻易与人类接触。水天使听从了碇真嗣的建议，凭借着它那强大的 AT力场和敏锐的感知能力，一次次地避开了人类军队的围剿。
各国政府派出的军队，在茫茫大海中四处搜寻水天使的踪迹，却总是无功而返。几次失败的围剿之后，各国政府开始意识到，追击水天使或许并不是一个明智的选择，于是就没有人再提派兵围剿的事情了。
在精神交流的过程中，碇真嗣和水天使做出了一个大胆的决定。他们要让水天使通过精神力，将死海文书、人类补完计划相关内容以及碇真嗣降服水天使的情况传给世界上精神力比较高的人类。他们希望通过这些人的传播，让全世界都知道真相，打破 SEELE的阴谋。
为了实现这个计划，碇真嗣通过沟通，让水天使在海边靠近人类城市的地方净化海水。水天使虽然不习惯和人类沟通，但它通过精神联系，明白了碇真嗣的意思。它开始在净化海水的同时，展现出佛门修行者的形态。它双手合十，周身散发着祥和的光芒，仿佛一位来自佛国的圣者。
不久之后，水天使所在海域的海水变得越来越清澈。那原本浑浊的海水，如今变得如同蓝宝石一般晶莹剔透。海边的居民惊喜地发现海洋环境的变化，他们纷纷来到海边，感受着那清新的空气和清澈的海水。
而且，在靠近水天使所在区域，经常有水流形成“南无阿弥陀佛”的水波。这些奇妙的现象，让居民们感到既好奇又敬畏。他们不知道这背后的真正原因，但结合 NERV放出的战斗画面，开始自发地将水天使的雕塑和壁画添加到佛教寺庙。
在寺庙里，工匠们精心绘制着初号机运用 AT力场变出太阳，放光降服水天使的壁画。那栩栩如生的画面，仿佛将人们带入了那个惊心动魄的战斗场景。常有人前往寺庙，对着水天使的雕塑和壁画顶礼膜拜，祈求着和平与安宁。
这一现象逐渐引起了各方的关注。媒体记者们纷纷来到海边，试图揭开这神秘现象背后的真相。学者们也开始研究水天使的行为和它所带来的影响。而 SEELE得知这个消息后，心中充满了愤怒和恐慌。他们没想到，原本计划中的围剿行动，竟然变成了水天使传播真相、赢得民心的契机。一场关于真相与阴谋、和平与破坏的较量，正在悄然上演。